Topsector ICT speelt een cruciale rol in het coördineren en stimuleren van innovatie binnen het FNS-programma. Naast het lidmaatschap van de Raad van Toezicht van FNS stelt Topsector ICT diverse subsidie-instrumenten beschikbaar om FNS een impuls te geven. Voorbeelden daarvan zijn de MIT (Mkb-innovatiestimulering Regio en Topsectoren)-subsidie voor netwerkactiviteiten en het Strategische Beurzen Budget waar vanuit het Holland Paviljoen op het Mobile World Congress (MWC) wordt gesteund. MWC is het Europese platform waar ook de FNS-community naartoe gaat.